南京中医药大学中医临床基础学科主要由《伤寒论》、《金匮要略》、《温病学》三个学科组成，其中温病学科在1982年被确定为博士学位授予点，并于1993年被确定为国家中医药管理局和江苏省政府的第一批重点学科，国家级精品课程；《伤寒论》1984年被确定的博士点，是1995年被江苏省政府确定为重点学科的中医内科学的组成部分；《金匮要略》是硕士和博士学位授予点，省级精品课程。本学科在重点学科建设过程中，联合了基础医学院的微生物免疫、生物、生化等教研室和附属医院的急诊中心、南京市第二医院（传染病医院），共同组成了一个中医与西医结合、基础与临床结合、实验与应用结合的中医临床基础学科群，并与全国8所高等中医院校的相关学科建立了共建协作关系。
    本学科曾拥有孟澍江、陈亦人、沈凤阁、樊天徒、曹钟苓、丁光迪、张谷才等一批全国知名的学术带头人，其中仍健在的沈凤阁、张谷才等老教授还在为本学科的建设进行多方面的指导。现在的学术顾问和学术带头人王灿晖、杨进教授，现学科带头人马健教授等都是全国知名的温病学专家，具有深厚的学术造诣，在国内有很大的影响力。王灿晖教授是第八、第九届全国政协委员，曾任国务院学位委员会学科评议组成员；杨进教授是2003年教育部评定的第一批全国“教学名师”，是国家第一批精品课程《温病学》的主讲教师。
    学科研究方向：
    1、中医临床基础的文献和理论研究
    2、辨证论治体系及其实质和机理的研究
    3、中医辨证论治理论的临床研究

    4、仲景学说理论、理法方药临床应用规律及相关治法方药作用机制研究