中医瘀热病机重点研究室是国家中医药管理局在2009年度批准的重点研究室。重点研究方向为：瘀热病机证素演变规律及辨治方案研究、瘀热病机本质及凉血化瘀法疗效机制研究。周仲瑛教授为本研究室构建了较高的研究平台。1979年撰写发表了“常用脏腑病机词汇类证鉴别”系列研究论文，80年代创建了内科学总论—“辨证论治纲要”，在主编新世纪规划教材《中医内科学》中把病因病机分别阐述、每个病证增加证机概要等内容。研究室成立26年来，特别注重中医内科难治病病机学的创新性研究，如率先提出“审证求机”、“第二病因”等病机新概念，揭示“瘀热”广泛存在于外感、内伤诸多急难病证中，初步形成了“瘀热”新理论，并被列入国家“973”计划“中医病因病机理论的继承与创新研究”专项课题；累计进行“瘀热”相关课题研究12项，出版《瘀热论》学术专着，处于国内领先水平。