2019年5月，艾瑞深中国校友会网(Cuaa.Net)发布2019中国大学一流专业排名，南京中医药大学进入中国大学一流专业排名100强，其中6个本科专业荣膺中国五星级以上专业。这标志着我校在推进国家“双一流”和江苏高水平大学建设进程中，内涵建设和办学水平得到显著提升。

艾瑞深中国校友会 2019中国大学一流专业排名评价指标由学科水平、培养质量、师资水平、专业水平和专业影响等五大指标构成，涵盖了国家“双一流”建设学科、教育部学科评估结果、国家级特色专业、省级特色重点专业、杰出校友和杰出师资等100多项指标。自2015年起，艾瑞深中国校友会网已连续5年发布中国大学一流专业排名。