中药化学实验室于2009年6月由国家中医药管理局公示为中医药科研三级实验室。本实验室在中医药理论指导下，以中药资源化学和方剂物质基础研究的前期积累为基础，结合不同层面效应评价指标，通过现代色谱/光谱联用分离分析集成技术与方法，以中药资源（资源化学）-药材品质（质量标准）-方剂方药配伍（药对-类方）研究为主线，开展中药及复方化学物质基础研究，以揭示其治疗作用的内在本质，构建和实现中药及复方效应物质基础及其配伍机理的知识创新和示范性系统研究。