国家中医药管理局中药质量标准实验室的主要研究方向：中药材的有效物质基础研究、中药和新药的质量控制体系研究、中药材、饮片和新药的指纹图谱研究、新药中有效成分的药代动力学研究。本实验室为制药企业和高校、科研单位建立符合国家对中药和天然药物新药质量标准控制要求的有关中药材、中药原料药、提取物、各类新药制剂、非药典品种、剂型改革、已有中成药的二次开发等的质量标准控制技术规范及质量控制体系和标准，建立符合国家新药研究要求的中药标准指纹图谱；提供整套研究的技术资料和每个品种的质量控制体系的标准操作规程。