针灸学实验室的前身是在我国着名针灸学家邱茂良教授的倡导下，于1984年建立的针灸研究室，后并入学校中医研究院。1994年由江苏省人民政府批准并投入经费建立江苏省针灸学重点实验室，转归针灸学科，1997年又进行了二期建设，2001年9月通过了江苏省高校省级重点实验室的验收。2000年2月，被国家中管局评估确认为全国中医药科研三级实验室，是全国第一个针灸学开发实验室。2003年更名为针灸生物医学实验室，2008年通过了全国中医药科研三级实验室的换证评估。