分子生物学（儿科）实验室是依托教育部国家级重点学科、国家中医药管理局重点学科建设单位——南京中医药大学中医儿科学学科建立，其工作性质以实验研究为主，着重于从细胞分子水平进行相关疾病中医治法的基础与应用基础研究。主要研究方向：小儿肺、脾、肾系疾病和传染病中医治疗学的细胞分子水平机理研究。肺系疾病方面，主要是小儿病毒性肺炎和小儿哮喘的治疗机理研究，研究开肺化痰、解毒活血、宣肺平喘等治法治疗小儿病毒性肺炎、哮喘的细胞分子机理。脾系疾病方面，主要是小儿厌食、泄泻、疳证、贫血、胎怯等疾病的治疗机理研究，研究健脾助运等治法在上述疾病中的细胞分子机理。肾系疾病方面，主要是紫癜性肾炎、肾病等疾病的治疗机理研究，研究凉血消斑、补肾培元治法及雷公藤制剂等在上述疾病中治疗作用的细胞分子机理。